Segmentation 3D

lapin

Embryon

brainseg

niceer444000

En cours – plugin de segmentation 3D

L’idée de ce projet est de créer un plugin ImageJ de segmentation 3D basé sur le gonflement d’une « vésicule lipidique ». Chaque petit élément de surface (surfel) est représenté par un point orienté, comme un lipide.

Pour segmenter un stack 3D (IRM, fluorescence, EM), on démarre d’une forme arbitraire (sphère par exemple), puis on la fait gonfler jusqu’à ce qu’elle s’adapte aux maxima locaux du stack 3D.

Il s’agit d’une collaboration avec Sarah Machado, post doctorante dans le laboratoire de Marcos Gonzalez Gaitan, à l’université de Genève.

FIB-SEM – Segmentation du réticulum endoplasmique

Les données viennent de Vincent Mercier, post-doctorant dans le laboratoire de Jean Gruenberg et d’Aurélien Roux, à l’université de Genève.

Tomodensitométrie – Segmentation du CT-scan du lapin de Stanford

Les données sont disponibles ici.

 

Fluorescence – Segmentation d’un embryon de C. Elegans

[Données libres par William Mohler obtenu l’adresse http://loci.wisc.edu/software/sample-data ]

IRM

Données perso!

 

Bienvenue sur ma page personnelle